僕の周りでは、なぜかあまり使っている人がいないんですが、scrapboxというノートサイトがメチャクチャ便利でお勧めです。
先日も、開発用のLinuxを自分のPCにインストール＆設定する時にメモを取りまくりました。
Wikiベースのシステムらしいですが、シンプルで使いやすく、検索も強力ですし、文書の組み換えもなども簡単です。
個人利用は無料ですし、僕はまだ試したことがないですが、Webサイトとして公開することもできるようです。
という感じで、とても便利なんですが、敢えて言うと、オフラインで使えないのと、スマホアプリが無いので、そのあたりがあまり人気が出ない理由としてあるのかもしれません。